Povestea descoperirii statuii Fecioarei de la Aparecida este spusă de două surse care se găsesc în arhivele Curiei metropolitane din oraşul brazilian Aparecida (înainte de 1743), precum și în arhivele romane ale ordinului iezuit în Roma.
Istoria ei începe la mijlocul anului 1717, atunci când a sosit în Guaratingueta, vestea că contele de Assumar, Pedro de Almeida e Portugalia, guvernatorul căpităniei São Paulo e Minas de Ouro pe atunci, va merge să vadă populaţia pe care o avea în subordine pe drumul spre Vila Rica (acum Ouro Preto) în statul Minas Gerais, situat în nordul regiunii Sud-Est a Braziliei ( capitala sa este Belo Horizonte).

Dorind să-l onoreze oferindu-i cea mai bună recoltă a lor de pescuit, pescarii Domingos Garcia, Filipe Pedroso și João Alves şi-au aruncat plasele în rio Paraíba do Sul.
După mai multe încercări nereușite, coborând pe cursul fluviului au ajuns la Porto Itaguaçu la 12 octombrie. Fără prea multă speranță, João Alves a aruncat apoi plasa în apă și a tras corpul unei statui a Fecioarei Maria, fără cap.
O nouă încercare a permis să se descopere şi capul statuii. Pescarii au înfășurat apoi obiectul miraculos găsit într-o pânză și, încurajaţi de evenimentul nesperat, au aruncat plasele din nou, astfel încât de data aceasta au obţinut un pescuit abundent.
Timp de cincisprezece ani, statuia a rămas la Felipe Pedroso, unde oamenii din cartier s-au adunat ca să se roage. Devotamentul față această statuie a crescut printre oamenii din regiune și multe lucruri au fost obținute de către cei care se rugau în fața ei. Faima puterilor extraordinare ale statuii Fecioarei Maria s-a răspândit în toate regiunile din Brazilia. Ulterior, familia Pedroso a construit un oratoriu dar care în curând s-a dovedit prea mic.
În 1734, capelanul din Guaratinguetá a construit o capelă pe vârful de la Morro dos Coqueiros, deschisă publicului din 26 iulie 1745. Creșterea numărului de credincioși a dus la apariţia unei noi biserici care a început să fie construită în 1834, actuala bazilică veche (bazilica velha în portugheză).
La 6 noiembrie 1888, Prințesa Isabel a Braziliei, cea care a abolit sclavia semnând Legea de aur în 1888, a vizitat pentru a doua oară biserica și a donat Fecioarei o coroană de aur încrustată de diamante și de rubine și o haină albastră.
În 1894, un grup de preoți și călugări redemptoriști a sosit în Aparecida ca să organizeze primirea pelerinilor care veneau la picioarele statuii penru a se ruga Fecioarei „ieşind din apă”.
La 8 septembrie 1904, statuia a fost încoronată în mod solemn de José Camargo Barros. La 29 aprilie 1908, biserica a primit titlul de Basilica Minor. Douăzeci de ani mai târziu, la 17 decembrie 1928, orașul care s-a dezvoltat in jurul lui Morro dos Coqueiros a devenit o municipalitate independentă.
Un an mai târziu, Fecioara de la Aparecida a fost proclamată „Regina Braziliei” și patroana oficială a țării de către Papa Pius al XI.